Prebiotic Effect of Lycopene and Dark Chocolate on Gut Microbiome with Systemic Changes in Liver Metabolism, Skeletal Muscles and Skin in Moderately Obese Persons

Table 4

Average relative species compositions of gut microbial communities for the intervention groups 7 mg GAL-MSFA, 30 mg GAL-MSFA, 30 GAL-PUFA at different doses at the beginning and at the end of the intervention study.

				7 mg	GAL MSFA	30 mg	GAL MSFA	30 mg	GAL PUFA
Phyla	Family	Genera	Species	II_Day_0	II_Week_4	III_Day_0	III_Week_4	IV_Day_0	IV_Week_4
Bacteroidetes	Porphyromonadaceae	Parabacteroides	distasonis	0,36	0,09	0,04	0,04	0,04	0,05
Bacteroidetes	S24-7			0,73	1,72	0,15	0,48	0,07	0,2
Bacteroidetes	Porphyromonadaceae	Parabacteroides		0,33	0,1	0,68	0,09	0,05	0,24
Bacteroidetes	[Paraprevotellaceae]	Paraprevotella		0,11	0,05	0,26	0,03	0,01	0
Bacteroidetes	Bacteroidaceae	Bacteroides		8,59	2,58	0,91	3,14	0,74	0,95
Bacteroidetes	Bacteroidaceae	Bacteroides	ovatus	0,08	0,04	0,03	0,02	0,01	0
Bacteroidetes				0,77	1,14	0,31	0	0,08	0,02
Bacteroidetes	Prevotellaceae	Prevotella	copri	13,52	12,2	8,52	0,38	0,8	0,13
Bacteroidetes	Bacteroidaceae	Bacteroides	caccae	0,09	0,01	0,02	0,01	0	0
Bacteroidetes	Bacteroidaceae	Bacteroides	Other	0,15	0,04	0,04	0,1	0,09	0,26
Bacteroidetes	Prevotellaceae	Prevotella		0,26	0,19	0,38	0	0,2	0
Bacteroidetes	Prevotellaceae	Prevotella	stercorea	1,24	0,52	0,15	0	0,11	0,03
Bacteroidetes	Rikenellaceae			2,18	0,57	0,2	1,33	0,34	0,39
Bacteroidetes	Bacteroidaceae	Bacteroides	plebeius	0,49	0,99	0,15	1,22	2	0,01
Bacteroidetes	[Odoribacteraceae]	Butyricimonas		0,08	0,03	0,03	0,04	0,02	0,01
Bacteroidetes	[Paraprevotellaceae]	[Prevotella]		1,16	0,5	0,21	0	0,04	0,02
Bacteroidetes	[Barnesiellaceae]			0,71	0,07	0,02	0,1	0,05	0,06
Bacteroidetes	Bacteroidaceae	Bacteroides	uniformis	0,24	0,03	0,08	0,11	0,03	0,34
Actinobacteria	Bifidobacteriaceae	Bifidobacterium	longum	0,09	0,11	0,04	0,16	0,11	0,16
Actinobacteria	Bifidobacteriaceae	Bifidobacterium		0,15	0,54	0,03	0,5	0,73	2,31
Actinobacteria	Bifidobacteriaceae	Bifidobacterium	adolescentis	0,33	1,09	0,05	0,24	0,69	2,93
Actinobacteria	Actinomycetaceae	Actinomyces		0,02	0,01	0,04	0,35	0,04	0,02
Actinobacteria	Coriobacteriaceae	Other	Other	0	0	0,02	0,03	0,01	0,01
Actinobacteria	Coriobacteriaceae	Eggerthella	lenta	0,01	0	0,01	0,02	0,09	0,07
Actinobacteria	Coriobacteriaceae	Atopobium		0,01	0,01	0,01	0,09	0,02	0,02
Actinobacteria	Coriobacteriaceae	Collinsella	aerofaciens	0,96	0,58	0,59	1,2	1,57	0,94
Actinobacteria	Coriobacteriaceae			0,83	0,41	0,21	0,27	0,91	0,52
Actinobacteria	Coriobacteriaceae	Adlercreutzia		0,02	0,01	0,06	0,1	0,09	0,07
Actinobacteria	Coriobacteriaceae	Slackia		0,09	0,09	0,07	0,1	0,23	0,04
Firmicutes	Veillonellaceae	Dialister		0,3	0,82	1,54	0,09	1,2	7,23
Firmicutes	Lachnospiraceae	Anaerostipes		0,04	0,02	0,02	0,04	0,03	0,11
Firmicutes	Clostridiaceae	Caloramator		0,01	0	0,01	0,04	0,1	0
Firmicutes	Streptococcaceae	Streptococcus		0,13	0,21	0,8	8,14	0,19	2,26
Firmicutes	Clostridiaceae			0,95	0,75	0,82	4,8	5,63	0,94
Firmicutes	Lachnospiraceae	Roseburia		0,08	0,14	0,04	0,03	0,09	0,05
Firmicutes				6,99	6,64	16,32	10,2	8,45	5,98
Firmicutes	Clostridiaceae	Other	Other	0,03	0,01	0,03	0,22	0,53	0,04
Firmicutes	Lachnospiraceae	[Ruminococcus]	Other	0,01	0,01	0,02	0	0	0,01
Firmicutes	Lachnospiraceae	[Ruminococcus]	gnavus	0,04	0,04	0,05	0,06	0,13	0,06
Firmicutes	Lachnospiraceae	Blautia	Other	0,86	0,68	1,09	1,02	1,72	2,23
Firmicutes	Lachnospiraceae	Blautia		3,08	2,23	3,78	4,24	7,24	9,07
Firmicutes	Lachnospiraceae	Coprococcus	Other	0,13	0,22	0,36	0,15	0,15	0,15
Firmicutes	Ruminococcaceae	Faecalibacterium	prausnitzii	1,39	2,42	1,04	1	0,98	1,13
Firmicutes	Veillonellaceae	Phascolarctobacterium		0,39	0,17	0,04	0,02	3,69	0,01
Firmicutes	Ruminococcaceae			20,99	30,92	25,11	15,39	20,02	23,35
Firmicutes	Other	Other	Other	1,31	0,77	1,59	6,12	4,79	1,8
Firmicutes	Streptococcaceae	Streptococcus	anginosus	0,01	0	0,02	0,08	0	0,11
Firmicutes	Lachnospiraceae	[Ruminococcus]		0,2	0,31	0,17	0,19	0,26	0,17
Firmicutes	Erysipelotrichaceae			0,08	0,04	0,02	0,09	0,2	0,05
Firmicutes	Christensenellaceae			0,23	0,28	0,18	0,04	0,93	0,24
Firmicutes	Lachnospiraceae	Shuttleworthia		0,12	0,1	0,13	0,15	0,18	0,21
Firmicutes	Clostridiaceae	Clostridium		0,32	0,45	0,3	0,42	0,3	0,27
Firmicutes	Lachnospiraceae			7,01	8,06	8,82	7,27	9,5	8,18
Firmicutes	Ruminococcaceae	Oscillospira		1,71	1,44	1,69	2,56	1,98	1,66
Firmicutes	Erysipelotrichaceae	[Eubacterium]	biforme	0,53	0,27	0,38	1,03	0,78	0,09
Firmicutes	Lachnospiraceae	Lachnospira		0,25	0,11	0,23	0,04	0,23	0,21
Firmicutes	[Mogibacteriaceae]			0,17	0,11	0,06	0,08	0,29	0,11
Firmicutes	Lachnospiraceae	Other	Other	4,85	5,88	5,46	4,67	7,47	6,19
Firmicutes	Lachnospiraceae	Coprococcus		1,78	2,07	2,2	2,56	3,41	3,43
Firmicutes	Ruminococcaceae	Ruminococcus		1,85	2,11	4,7	2,11	1,49	4,73
Firmicutes	Lachnospiraceae	Dorea		1,88	2,8	1,77	2,15	2,76	2,13
Firmicutes	Ruminococcaceae	Other	Other	5,54	3,82	2,47	1,85	0,62	3,46
Firmicutes	Erysipelotrichaceae	Catenibacterium		0,63	0,38	2,25	1,18	2,4	2,88
Proteobacteria	Desulfovibrionaceae	Bilophila		0,02	0,01	0,01	0,01	0,11	0,02
Proteobacteria	Enterobacteriaceae			0,66	0,74	0,33	9,8	0,95	0,08
Proteobacteria	Alcaligenaceae	Sutterella		0,04	0,06	0,01	0	0,01	0
Verrucomicrobia	Verrucomicrobiaceae	Akkermansia	muciniphila	0,17	0,12	1,49	0,13	0,72	0,91
Tenericutes				0,19	0,12	0,2	0,08	0,01	0,21
TM7				0	0	0,01	0,01	0,02	0,01
Cyanobacteria				0,01	0,01	0,01	0,01	0,03	0,02